中長期在留者的在留卡遺失、被偷，或因燒毀等原因而滅失時，要在發現後14天內申請補發。如果是人在國外時才發現，就從之後第一次入境日本那天起算14天。[1] 這項手續叫做「在留卡補發申請」（在留カードの再交付申請）。
遺失或被偷時，先向警察報案
如果是遺失或被偷，申請時要附上一份說明經過的陳述書。陳述書上要填警察的報案受理編號（届出受理番号），所以要先向警察報案。[1]
視申請內容而定，入管有時也會請您提出遺失報案證明（遺失届出証明書）等文件。[1]
如果是因為災害而滅失，則改為提出受災證明（り災証明書）等文件。[1]
申請地點和受理時間
申請地點是管轄您住址的地方出入國在留管理官署，也就是各地的入管。受理時間為平日上午9點到12點、下午1點到4點。[1]
新的在留卡原則上當天就會核發。[1]
要帶的東西
出入國在留管理廳的網頁上列出了以下項目。[1]
| 項目 | 說明 |
|---|---|
| 申請書 | 從出入國在留管理廳的網頁下載 |
| 照片 | 1張，須符合入管規定的照片規格 |
| 遺失或失竊的陳述書 | 遺失或被偷時提出，要填警察的報案受理編號 |
| 護照 | 或在留資格證明書 |
| 資格外活動許可書 | 僅限已取得許可的人 |
| 手續費 | 不需要 |
自2026年6月14日起核發的在留卡，只要年滿1歲都需要照片。只有在核發當天還未滿1歲的人，才不必提出照片。[1]
已經超過14天時
還是可以申請，不過入管會要求另外附上說明延誤理由的文件。[1]
請別人代為申請時
未滿16歲的人不是自己申請，而是由代理人辦理。[1]
本人未滿16歲，或因為生病等原因無法親自到窗口時，可以由同住的16歲以上親屬代為申請。如果是因為生病，入管會請代理人帶診斷證明書等文件。工作太忙、要上班或上學這類理由，不算是無法親自前往的原因。[1]
本人也可以委託同住的16歲以上親屬代為申請。這時，入管會請代理人帶委託書（委任状）等文件。[1]
別錯過期限
期限是從發現在留卡不見的那天開始算，日子很容易一下子就過去了。在 Clerfy 找到您要辦的手續，Clerfy 就會幫您加入補發申請，並附上期限和要準備的文件。